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税务稽查风险就是从事税务稽查工作的税务机关及其工作人员对其作出的《税务处理决定》、《税务行政处罚决定》以及《移送公安决定》要承担法律责任。它不仅要求《决定》引用的法律依据准确、操作程序合法、处罚适当，而且要求对纳税人存在的违法行为必须查深查透，确保国家税收不流失。如不能做到这一点，税务稽查机关或者税务稽查工作人员就要承担赔偿责任和该移送不移送的刑事责任。要完全消除稽查风险是不可能的，但是我们可以通过采取一些措施来加以防范，以降低风险程度，提高稽查质量。
首先，应从加强稽查机关内部建设入手。
建立完善法规库、被稽查单位信息库。稽查机关应适应经济形势发展，建立起专门的法规库，经常更新，以保证可以给现场稽查人员充分而又权威的法律支援。另外，可将历年的稽查情况汇总成动态数据库，将被稽查单位分年度按基本情况、法规政策、稽查发现的问题及处理情况建立相应的资料数据库，做到稽查信息资源共享。这样在提高稽查工作效率的同时，也可以防范稽查风险。
加强稽查机关计算机运用能力。一是加强稽查软件的应用和开发，做到能够紧跟被稽查单位计算机系统更新的进度，不被脱离。二是与被稽查单位合作，要求其应用软件在开发阶段就应预留稽查接口。三是针对不同的系统，设计有针对性的稽查检查程序，使得稽查人员能够对计算机系统进行一般性检查，使检查风险降到最低。四是加强稽查机关的计算机硬件建设。
加强审理环节的把关。一是严格三审制度。即由案件接受人对稽查工作程序是否正确、所附证据资料是否完整等进行初审。主审人员再就案件的事实是否清楚、证据是否确凿、定性是否准确等进行进一步的把关。主审人员审理完毕并出具审理文书报送科(股)长签字审批时，再由科(股长)复核，把好最后关口，确保案件处理得当。二是严格集体审理制度。审理科(股)长着重把政策法规关，分管局长着重把定性关，稽查局审理小组着重把处罚关，较(重)大案件报市局案件审理委员会审理。使税案处罚的程序、结果更透明，保证税务稽查质量。 
健全稽查案例分析制度。稽查机关要将定期召开被查单位案例分析会并形成制度。一是对税务稽查选案、实施、审理及执行四个环节在实施过程中进行把关，真正做到事实清楚、证据确凿、数字准确、文书规范、程序合法、适用法律法规正确。二是对税收政策执行、自由裁量权的把握进行会商，提高准确性。三是经过长期的努力，逐步建立起一套完整的分类型的案例分析资料，从中总结出被查对象贯用的偷税手法以及检查各类型企业的基本方法，为今后的稽查工作提供参考和比照的案件处理范例。
其次，应从加强稽查过程的规范化加以落实。
加强查前调查、符合性测试等工作。要加强查前调查，在稽查进户之前对被查单位的业务情况、财务情况进行全面的调查了解，这有助于稽查人员把握稽查方向;须对其内部控制有充分的了解，同时也必须结合被查单位的实际情况，考虑稽查的重点。对被查单位有关内控制度，要进行符合性测试，以判定内控是否有效，为下一步评估稽查风险提供必要的依据。
制定科学合理的稽查方案。在拟订稽查方案时，需要严格按照稽查规范的要求，将有关要素写入方案，并详细列出稽查风险的控制点，为稽查工作的开展作出指导。另外要注意稽查范围、延伸范围的确定，使稽查人员在工作中能有的放矢。对重要性水平加以明确，
为稽查人员作出有关职业判断提供参考。
稽查文书编制规范化。稽查过程当中涉及的文书较多，都应以规范化的要求来编制，避免随意性，特别是取证材料及稽查工作底稿，更应该针对不同的行业，注意格式统一、用语的准确等。对于稽查过程的描述，也要有规范统一的标准。
稽查方法的规范化。稽查过程当中，应该注意采用规范的方法。证据风险来自证据的取舍及其证明力，如何防止疏漏重要证据和取得具有充分证明力的证据，是证据风险控制的关键。稽查证据要具有相关、重要、胜任、充分的特性，要求认真、谨慎、依法地取证，以科学的方法认真分析证据、鉴别证据。另外对每个稽查事项要从实际出发，选用适当的稽查依据，作出科学的判断，从而对稽查发现的问题作出准确的定性。定性依据要特别注意依据适用的范围、时效、内容，以免造成不必要的稽查风险。
此外，应从提高队伍综合素质方向努力。
改变观念，提高防范风险意识。稽查人员要从思想上、观念上深入理解稽查风险，寻求积极有效的方法防范风险。
落实责任，明确稽查人员职责。稽查组各成员应各司其职，对具体项目，要真正把各自的责任落实到位。对尽心尽责、项目完成优秀的稽查人员，要予以表彰、奖励;对于在稽查工作中玩忽职守、违反法规法律及造成稽查风险的，要追究稽查人员的过错责任。